Od samog svog osnivanja, Mešihat Islamske zajednice je radio na unaprjeðenju vjersko-prosvjetnog sistema, čiji najveći dragulj je Medresa “Gazi-Isabeg”, koja je nakon svog uspješnog dugogodišnjeg rada čvrsto stala na svoje noge. Imajući to u vidu, kao i potrebe daljeg školovanja njenih svršenika, od kojih mnogi nisu u situaciji nastaviti studije u inostranstvu, godinama se razmišljalo o ideji osnivanja više islamske škole. Realizaciju pomenute ideje je donekle ubrzala i činjenica da se od školske 2001/02. godine vjeronauka vratila u državne škole, što podrazumijeva potrebu za velikim brojem predavača vjerske nastave, tako da je na zasijedanju Sabora Islamske zajednice Sandžaka, održanom 12. maja 2001. godine, donijeta odluka o osnivanju Islamske pedagoške akademije u Novom Pazaru. Od tog dana se pristupilo brojnim pripremama, koje su se ogledale u donošenju Statuta Akademije, izradi vodiča za studente, indeksa i drugih potrebnih pretpostavki za uspješan početak i rad ove najmlaðe ustanove Islamske zajednice Sandžaka. Za prvog dekana Akademije izabran je predsjednik Mešihata, muftija Muamer ef. Zukorlić, a tim profesora činili su pet doktora nauka (trojica iz BiH – dr. Džemaludin Latić, dr. Šefik Kurdić i dr. Sulejman Topoljak) i pet predavača. Odlukom Mešihata, od oktobra 2003. god. Akademije je prerasta u visoku trogodišnju školu i mijenja svoj naziv u Islamska akademija. Interesovanje za ovu višu islamsku školu je zapaženo, tako da je ona prerasla u Fakultet za islamske studije (FIS). Nakon ramazana 2006. godine Fakultet za islamske studije prešao je u svoje prvobitne prostorije – zgradu Islamskih ustanova u centru Novog Pazara. U prvu godinu studija pravo upisa imaju svršenici medresa, dok studenti koji su završili druge srednje škole upisuju pripremnu nastavu, tako da imaju obavezu pohaðati stručne predmete iz Medrese. Završni ispit na pripremnoj nastavi je ujedno i kvalifikacioni ispit za upis u prvu godinu Fakulteta za islamske studije.
