Mešihat Islamske zajednice osnovan je za područje Sandžaka na Konstituirajućem Saboru 30. oktobra 1993. godine, a na Objediniteljskom Saboru 27. marta 2007. godine preimenovan je u Mešihat Islamske zajednice u Srbiji sa četiri muftijastva.

Mešihat je najviši vjerski i administrativni organ Islamske zajednice. Sastoji se od predsjednika i 14 članova. Predsjednik Mešihata od januara 2014. godine je muftija dr. Mevlud ef. Dudić, koji je ovu funkciju preuzeo od muftije Muamer ef. Zukorlića koji je bio na čelu Mešihata od njegovog osnivanja. Područje djelovanja Mešihata je: organizacija vjerskog života, mearifski poslovi, izgradnja i održavanje objekata Islamske zajednice, saradnja sa islamskim organizacijama i ustanovama u svijetu, administrativno-pravni poslovi, privredno-finansijski poslovi i organizacija i rad organa i ustanova Islamske zajednice u dijaspori.

Sabor je najviši predstavnički i zakonodavni organ Islamske zajednice. Čine ga predstavnici svih medžlisa po muftijstvima i ima 52 člana. Predsjednik Sabora od oktobra 2016. godine je Hajro ef. Tutić. Područje djelovanja Sabora je: donosi Ustav Islamske zajednice i druge opće propise, raspravlja i odlučuje o svim poslovima Islamske zajednice, određuje smjernice za sve organe Islamske zajednice, učestvuje u izboru predsjednika Mešihata u izbornom tijelu, bira i razrješava članove Mešihata, imenuje i razrješava muftije, osniva ustanove i institucije Islamske zajednice i donosi propise o njihovom radu, donosi finansijski plan i odobrava završni račun Mešihata, donosi propise o upravljanju vakufima, razmatra i odobrava izvještaj Mešihata o njegovom radu, imenuje stalne i povremene komisije, imenuje disciplinsko vijeće.

Muftijstva su područne organizacione jedinice Islamske zajednice. Na području Islamske zajednice postoje: Muftijstvo sandžačko za područje Sandžaka sa sjedištem u Novom Pazaru, Muftijstvo preševsko za područje Preševske doline sa sjedištem u Preševu, Muftijstvo beogradsko za područje Centralne Srbije sa sjedištem u Beogradu i Muftijstvo novosadsko za područje Vojvodine sa sjedištem u Novom Sadu. Organi muftijstva su: muftija, Savjet za vjerska pitanja koji čine glavni imami i rukovodioci vjersko-prosvjetnih ustanova i Savjet za administrativna pitanja koji čine predsjednici medžlisa i rukovodioci drugih ustanova i udruženja na području muftijstva.

Medžlisi su organizacione jedinice Islamske zajednice koji obuhvataju, po pravilu, najmanje pet džemata povezanih u cjelinu, sa izuzetkom medžlisa na području Muftijstva beogradsko-novosadskog sa manjim brojem džemata. Organi medžlisa su: Skupština medžlisa koju čine izabrani zastupnici džemata i Odbor medžlisa kao izvršni organ na čelu sa predsjednikom Odbora medžlisa, čiji je član i glavni imam po položaju.

Džemati su osnovne organizacione jedinice Islamske zajednice i čini ih, po pravilu, najmanje 100 muslimanskih domaćinstava koja žive na jednom području, sa izuzetkom medžlisa na području Muftijstva beogradsko-novosadskog sa manjim brojem domaćinstava. Organi džemata su Skupština džemata koju čine članovi tog džemata i Džematski odbor na čelu sa predsjednikom, čiji je član i džematski imam po položaju.

Ustanove Islamske zajednice:

– Fakultet za islamske studije – dekan dr. Enver ef. Gicić

– Medresa „Gazi Isa-beg“ – direktor dr. Rešad ef. Plojović

– Dječije ustanove „Reuda i Wildan“ – upravnik Mersad Curić

– Škola Kur'ana Časnog – direktor hfz. Irfan ef. Malić

– Izdavačka ustanova „El-Kelimeh“ – direktor Malik ef. Nurović

– Media centar – direktor Salahudin Fetić

– Centar za humanitarni rad „Hajrat“ – direktor Mirsad ef. Bećirović

– Agencija za sertificiranje halal kvaliteta – direktor Samir Tandir

– Islamski kulturni centar „Altun alem“ – rukovodilac akademik Fatmir Bači

– Vakufska direkcija – direktor Admir ef. Doljanac

Udruženja Islamske zajednice:

– Udruženje žena „Merjem“ – rukovodilac Meliha Preljević

– Muslimanski omladinski klub – koordinator hfz. Abdurrahman ef. Kujević

Službe Mešihata:

– Administrativna služba – generalni sekretar Samir Škrijelj

– Mearifska služba – rukovodilac mr. Enver ef. Omerović

– Pravna služba – rukovodilac dr. Ferid Bulić

– Finansijska služba – blagajnik Ertan Fetahović